この49エーカーの動物園は、1868年にセントラル・パークの委員から動物園があるリンカーン・パークの委員に2頭の白鳥を寄贈して設立されました。 公園の中心に位置し、動物園の敷地は、19世紀後半にランドスケープアーキテクトのスウェイン・ネルソンとオラフ・ベンソンによって設計されました。 1877年、バーチ運河が作られ、リンカーンパークの北の池と他の水鳥とを結び、後に白鳥の池と水鳥のラグーンと命名された。 これらの建設された水の特徴の周りには、いくつかの動物の囲いや建物が建設され、動物園はビクトリア朝の庭園、起伏のある地形、蛇行する道、素朴な橋、成熟した木のスタンドを含むように進化しました。 より大きなリンカーン公園の風景から離れて設定されているのではなく、動物学のコレクションは、フェンスや入場料なしで公園に統合されました。 1900年代初頭までに、クマ、バイソン、鳥、アシカの囲いは、パビリオン、レストラン、コンフォートステーション、ドワイト-パーキンスが設計し、1908年に完成したプレーリースタイルのカフェ-ブラウアーによって補完された。 1930年代までに、動物園の景観の改良にWorks Progress Administrationが関与していたとき、爬虫類と霊長類のための囲いが追加されました。
1945年から1962年まで、マーリン-パーキンスは動物園の監督を務め、自然主義的な囲いを奨励し、リンカーン-パーク動物学会を結成した。 1965年には子供動物園と”農場の動物園”が設置された。 2003年、ポルティコ-グループは大型哺乳類と霊長類のためのアフリカの生息地を設計した。 2010年、スタジオギャングは、湿地、屋外の教室、遊歩道の作成で南池を取り巻く風景を活性化しました。 今日では、動物園はリンカーンパークの中心部に1,100以上の動物を収容しています。