tämä 49 hehtaarin suuruinen eläintarha perustettiin vuonna 1868 lahjoittamalla kaksi joutsenta Keskuspuiston komissaareilta Lincoln Parkin eläintarhalle, jossa eläintarha sijaitsee. Puiston keskellä sijaitsevan eläintarhan perustukset suunnittelivat maisema-arkkitehdit Swain Nelson ja Olaf Benson 1800-luvun lopulla. Vuonna 1877 perustettiin Birchin kanava, joka yhdisti Lincoln Parkin Pohjoislammen muihin vesistöihin, jotka myöhemmin muotoiltiin uudelleen ja nimettiin Joutsenlammeksi ja vesilintujen Laguuniksi. Näiden rakennettujen vesialueiden ympärille rakennettiin useita eläinsuojia ja rakennuksia, ja eläintarha kehittyi sisältämään viktoriaanisen ajan puutarhoja, aaltoilevaa topografiaa, mutkittelevia polkuja, maalaismaisia siltoja ja varttuneiden puiden metsikköjä. Sen sijaan, että se olisi erotettu Isommasta Lincoln Parkin maisemasta, eläintieteelliset kokoelmat liitettiin puistoon ilman aitoja tai pääsymaksuja. 1900-luvun alkuun mennessä karhujen, biisonien, lintujen ja merileijonien aitauksia täydennettiin paviljongeilla, ravintoloilla, mukavuusasemilla ja Preeriatyylisellä Café Brauerilla, jonka suunnitteli Dwight Perkins ja joka valmistui vuonna 1908. 1930-luvulle tultaessa, kun Works Progress Administration oli mukana parantamassa eläintarhan maisemaa, oli lisätty aitauksia matelijoille ja kädellisille.
vuosina 1945-1962 Marlin Perkins toimi eläintarhan johtajana kannustaen naturalistisia aitauksia ja perustaen Lincoln Park Zoological Societyn. Ympärivuotinen lasten eläintarha ja” Farm-in-The-Zoo ” olivat paikallaan vuoteen 1965 mennessä. Vuonna 2003 Portico Group suunnitteli Afrikan elinympäristön suurille nisäkkäille ja kädellisille. Vuonna 2010 Studio Gang elävöitti Etelälampea ympäröivää maisemaa luomalla kosteikon, ulkoluokkatiloja ja rantakadun. Nykyään eläintarhassa on yli 1 100 eläintä Lincoln Parkin ytimessä.