Ce zoo de 49 acres a été fondé en 1868 avec un don de deux cygnes des commissaires de Central Park à ceux de Lincoln Park, où se trouve le zoo. Situé au centre du parc, le parc du zoo a été conçu par les architectes paysagistes Swain Nelson et Olaf Benson à la fin du XIXe siècle. En 1877, le canal Birch a été créé, reliant l’étang Nord de Lincoln Park à d’autres plans d’eau, qui ont ensuite été remodelés et désignés comme l’étang des cygnes et le lagon de la sauvagine. Autour de ces pièces d’eau construites, plusieurs enclos et bâtiments pour animaux ont été construits, et le zoo a évolué pour inclure des jardins victoriens, une topographie ondulante, des chemins sinueux, des ponts rustiques et des peuplements d’arbres matures. Plutôt que de se démarquer du paysage plus vaste du parc Lincoln, les collections zoologiques ont été intégrées au parc sans clôtures ni frais d’entrée. Au début des années 1900, les enclos pour les ours, les bisons, les oiseaux et les otaries sont complétés par des pavillons, des restaurants, des stations de confort et le Café Brauer de style Prairie, conçu par Dwight Perkins et achevé en 1908. Dans les années 1930, lorsque la Works Progress Administration s’est impliquée dans le raffinement du paysage du zoo, des enclos pour les reptiles et les primates avaient été ajoutés.
De 1945 à 1962, Marlin Perkins a été directeur du zoo, encourageant les enclos naturalistes et formant la Société zoologique de Lincoln Park. Un zoo pour enfants ouvert toute l’année et la « Ferme dans le zoo » étaient en place en 1965. En 2003, le groupe Portico a conçu un habitat africain pour les grands mammifères et les primates. En 2010, Studio Gang a revitalisé le paysage entourant l’étang Sud avec la création d’une zone humide, de salles de classe extérieures et d’une promenade. Aujourd’hui, le zoo abrite plus de 1 100 animaux au cœur de Lincoln Park.