Este zoológico de 49 acres fue fundado en 1868 con un regalo de dos cisnes de los comisionados de Central Park a los de Lincoln Park, donde se encuentra el zoológico. Situado en el centro del parque, los jardines del zoológico fueron diseñados por los arquitectos paisajistas Swain Nelson y Olaf Benson a finales del siglo XIX. En 1877, se creó el Canal de Abedul, conectando el Estanque Norte de Lincoln Park con otros cuerpos de agua, que más tarde fueron remodelados y designados el Estanque de Cisnes y la Laguna de Aves Acuáticas. Alrededor de estas fuentes de agua construidas, se construyeron varios recintos y edificios para animales, y el zoológico evolucionó para incluir jardines victorianos, topografía ondulada, caminos serpenteantes, puentes rústicos y rodales de árboles maduros. En lugar de separarse del paisaje más grande del Parque Lincoln, las colecciones zoológicas se integraron en el parque sin vallas ni tarifas de admisión. A principios de 1900, los recintos para osos, bisontes, aves y leones marinos se complementaron con pabellones, restaurantes, estaciones de confort y el Café Brauer de estilo Pradera, diseñado por Dwight Perkins y terminado en 1908. En la década de 1930, cuando la Administración del Progreso de las Obras se involucró en el refinamiento del paisaje del zoológico, se agregaron recintos para reptiles y primates.
De 1945 a 1962, Marlin Perkins se desempeñó como director del zoológico, fomentando recintos naturalistas y formando la Sociedad Zoológica de Lincoln Park. Un zoológico para niños durante todo el año y la «Granja en el Zoológico» estaban en su lugar en 1965. En 2003, Portico Group diseñó un hábitat africano para grandes mamíferos y primates. En 2010, Studio Gang revitalizó el paisaje que rodea el Estanque Sur con la creación de un humedal, aulas al aire libre y un paseo marítimo. Hoy en día, el zoológico alberga más de 1.100 animales en el corazón de Lincoln Park.