tato 49-akrová zoo byla založena v roce 1868 darem dvou labutí od komisařů Central Parku po ty Lincoln Park, kde se zoo nachází. Areál zoo, ležící uprostřed parku, navrhli koncem devatenáctého století krajinní architekti Swain Nelson a Olaf Benson. V roce 1877 byl vytvořen Birch Canal, spojující Severní rybník Lincoln Park s dalšími vodními těly, které byly později přetvořeny a označeny Labutí rybník a vodní ptactvo Laguna. Kolem těchto postavených vodních prvků, bylo postaveno několik výběhů a budov pro zvířata, a zoo se vyvinula tak, aby zahrnovala viktoriánské zahrady, zvlněná topografie, meandrující cesty, rustikální mosty, a porosty zralých stromů. Spíše než být oddělen od větší krajiny Lincoln Park, zoologické sbírky byly integrovány do parku bez plotů nebo vstupného. Počátkem roku 1900 byly výběhy pro medvědy, bizony, ptáky a lachtany doplněny pavilony, restauracemi, komfortními stanicemi a prérijní kavárnou Brauer, navrženou Dwightem Perkinsem a dokončenou v roce 1908. V roce 1930, kdy se Správa Works Progress podílela na zdokonalení krajiny zoo, byly přidány výběhy pro plazy a primáty.
od roku 1945 do roku 1962 působil Marlin Perkins jako ředitel zoo, podporoval naturalistické výběhy a formoval zoologickou společnost Lincoln Park. Do roku 1965 fungovala celoroční dětská zoo a „Farma v Zoo“. V roce 2003 skupina Portico Group navrhla africké stanoviště pro velké savce a primáty. V roce 2010 Studio Gang revitalizovalo krajinu kolem jižního rybníka vytvořením mokřadu, venkovních učeben a promenády. Dnes je v zoo více než 1100 zvířat v srdci Lincoln Parku.