to 49-hektarowe zoo zostało założone w 1868 roku z daru dwóch łabędzi od komisarzy Central Parku do tych z Lincoln Park, gdzie znajduje się zoo. Leżący w centrum parku teren zoo został zaprojektowany przez architektów krajobrazu Swaina Nelsona i Olafa Bensona pod koniec XIX wieku. W 1877 roku powstał Birch Canal, łączący północny staw Lincoln Park z innymi zbiornikami wodnymi, które później zostały przekształcone i nazwane Swan Pond and Waterfowl Lagoon. Wokół tych zbudowanych obiektów wodnych zbudowano kilka ogrodzeń i budynków dla zwierząt, a zoo ewoluowało, obejmując wiktoriańskie ogrody, pofałdowaną topografię, meandrujące ścieżki, rustykalne mosty i drzewostany dojrzałych drzew. Zamiast oddzielać się od większego krajobrazu parku Lincolna, zbiory zoologiczne zostały włączone do parku bez ogrodzeń i opłat wstępnych. Na początku XX wieku pomieszczenia dla niedźwiedzi, żubrów, ptaków i lwów morskich zostały uzupełnione pawilonami, restauracjami, stacjami komfortu i kawiarnią w stylu Preriowym, zaprojektowaną przez Dwighta Perkinsa i ukończoną w 1908 roku. W latach trzydziestych XX wieku, kiedy administracja prac postępowych była zaangażowana w udoskonalenie krajobrazu zoo, dodano ogrodzenia dla gadów i naczelnych.
w latach 1945-1962 Marlin Perkins pełnił funkcję dyrektora zoo, zachęcając do naturalistycznych wybiegów i tworząc Lincoln Park Zoological Society. Do 1965 roku funkcjonowało całoroczne zoo dla dzieci oraz „gospodarstwo w Zoo”. W 2003 roku grupa Portico zaprojektowała afrykańskie siedlisko dla dużych ssaków i naczelnych. W 2010 roku Studio Gang zrewitalizowało krajobraz otaczający Południowy staw, tworząc podmokły teren, zewnętrzne sale lekcyjne i promenadę. Dziś zoo mieści ponad 1100 zwierząt w sercu parku Lincolna.