Dieser 49 Hektar große Zoo wurde 1868 mit einem Geschenk von zwei Schwänen von den Kommissaren des Central Park an die des Lincoln Park gegründet, wo sich der Zoo befindet. Das Gelände des Zoos liegt in der Mitte des Parks und wurde Ende des neunzehnten Jahrhunderts von den Landschaftsarchitekten Swain Nelson und Olaf Benson entworfen. 1877 wurde der Birch Canal angelegt, der den North Pond des Lincoln Parks mit anderen Gewässern verband, die später neu gestaltet und als Swan Pond und Waterfowl Lagoon bezeichnet wurden. Um diese konstruierten Wasserspiele herum, Mehrere Tiergehege und Gebäude wurden gebaut, und der Zoo entwickelte sich zu viktorianischen Gärten, wellige Topographie, mäandernde Wege, rustikale Brücken, und Stände mit altem Baumbestand. Anstatt sich von der größeren Landschaft des Lincoln Park abzugrenzen, wurden die zoologischen Sammlungen ohne Zäune oder Eintrittsgelder in den Park integriert. In den frühen 1900er Jahren wurden Gehege für Bären, Bisons, Vögel und Seelöwen durch Pavillons, Restaurants, Komfortstationen und das von Dwight Perkins entworfene und 1908 fertiggestellte Café Brauer im Prärie-Stil ergänzt. In den 1930er Jahren, als die Works Progress Administration an der Verbesserung der Landschaft des Zoos beteiligt war, wurden Gehege für Reptilien und Primaten hinzugefügt.
Von 1945 bis 1962 war Marlin Perkins Direktor des Zoos, förderte naturalistische Gehege und gründete die Lincoln Park Zoological Society. Ein ganzjährig geöffneter Kinderzoo und der „Farm-in-the-Zoo“ waren bis 1965 vorhanden. Im Jahr 2003 entwarf die Portico Group einen afrikanischen Lebensraum für große Säugetiere und Primaten. Im Jahr 2010 revitalisierte Studio Gang die Landschaft rund um den South Pond mit der Schaffung eines Feuchtgebiets, Klassenzimmern im Freien und einer Promenade. Heute beherbergt der Zoo mehr als 1.100 Tiere im Herzen des Lincoln Parks.